A Universidade Federal do Pará (UFPA) foi criada pela Lei nº. 3.191, de 02 de julho de 1957, sancionada pelo presidente Juscelino Kubitschek de Oliveira, tendo o seu primeiro estatuto aprovado em 12 de outubro de 1957, por meio do Decreto nº. 42.427, que continha orientações referentes à política educacional da novel universidade.
Em 1963, durante a gestão do reitor José Rodrigues da Silveira Netto, foi criada a Imprensa Universitária, que havia iniciado suas atividades em 1962 com a publicação da Revista de Ciências Médicas. Por meio da Resolução nº. 57, de 24 de dezembro de 1963, do Conselho Universitário (Consun), a Reitoria autoriza a compra do prédio para a recém-criada unidade, situado na travessa Rui Barbosa, nº. 471, esquina com a rua Ó de Almeida, no bairro do Comércio, onde hoje está instalado o Centro de Memória da Amazônia (CMA). No mesmo ano, a então Universidade do Pará publica o livro O Feitiço na Literatura, na Arte e na Vida, do poeta e jornalista Inocêncio Machado Coelho, ex-diretor do Museu Emílio Goeldi e futuro chefe de gabinete da Reitoria. Na prática, a Imprensa dedicava-se majoritariamente à impressão de materiais de expediente da universidade. Somente a partir da década de 1970, quando é transferida para o bairro do Reduto, começa efetivamente a imprimir a produção editorial acadêmica da UFPA, sendo transformada em Gráfica e Editora Universitária.
Em 7 de abril de 1969, por meio da Resolução nº. 10, do Consun, publicada no Diário Oficial da União nº. 21.513, de 11 de abril de 1969, é criada a Editora da Universidade Federal do Pará (ed.ufpa). No mesmo ano, o prof. Silveira Netto convida o historiador Arthur César Ferreira Reis, primeiro superintendente da SPVEA (depois SUDAM), para dirigir a Coleção Amazônica, embrião da Editora, podendo ser considerado, por essa razão, o primeiro diretor exclusivo da ed.ufpa, já que essa ainda mantinha laços estreitos com a Gráfica.
Em 1973, a UFPA recebe a doação da tradução feita pelo literato Carlos Alberto Nunes dos Diálogos de Platão, então única tradução direta do grego para o português do corpus platonicum. No mesmo ano, a Editora publica a Marginália Platônica, contendo os textos introdutórios aos Diálogos, escritos pelo próprio tradutor, e Teeteto – Crátilo. Essa primeira edição seria finalizada no início de 1980, tendo publicado todos os volumes da Coleção. Em 1986, é iniciada a segunda edição, que se estenderia até 2007 sem, entretanto, conseguir publicar todos os volumes (sete ficaram faltando). Em 2011, a ed.ufpa, em um projeto ousado e ambicioso, lança a edição bilíngue da Coleção, com todos os diálogos trazendo os textos em grego e em português espelhados. A partir da publicação de O Banquete (vol. 1), Fédon (vol. 2) e Fedro (vol. 3), a edição bilíngue, toda em capa dura, dá a largada para um total de dezoito volumes, em geral compostos por pares de diálogos, exceto os três volumes citados e A República (vol. 4), que ganham edições próprias.
Em 2001, a obra A Família Canuto e a Luta Camponesa na Amazônia, do professor e pesquisador Carlos José Cartaxo e publicada pela Editora, recebe o Prêmio Jabuti na categoria Reportagem. Em 2012, o livro A Questão da Habitação em Municípios Periurbanos na Amazônia fica entre os dez finalistas da categoria Arquitetura e Urbanismo e, em 2016, o livro A Epopeia Amazônica de Frei Pedro Santo Eliseu: Viagem (1746), uma coedição entre a ed.ufpa e a Editora da Universidade de São Paulo (Edusp), também foi finalista do mesmo prêmio.
Ainda em 2001, no dia 28 de junho, é inaugurada a Livraria Universitária. Até então, a Editora funcionava em uma sala anexa à Biblioteca Central, onde realizava tanto a produção como a venda dos livros. A nova Livraria, localizada próxima ao Restaurante Universitário, inicialmente destinava-se exclusivamente à venda das obras produzidas pela ed.ufpa e pelos núcleos e institutos da Universidade. No entanto, sua instalação possibilitou a ampliação do comércio de livros com selo próprio da ed.ufpa e de outros selos da UFPA, não somente na cidade de Belém, mas em nível nacional. Além disso, a partir de 2009, a distribuição nacional passa a ser feita por meio do sistema de venda em regime de consignação, no qual as editoras enviam seus livros para a venda e o produto da venda é dividido percentualmente entre as editoras parceiras.
Durante as décadas de 1980 e 1990, ainda vinculada à Gráfica da Universidade, a Editora da UFPA foi dirigida por Ivan Brasil e por Ivan Cardoso Costa. Em 1999, Laís Izabel Peres Zümero, servidora do Ministério da Ciência e Tecnologia, cedida para a UFPA, foi nomeada para exercer o cargo. Zümero fica à frente da direção da Editora por quase dez anos, período em que há considerável aumento no volume de publicações anuais, preferencialmente de autores provenientes da Universidade.
A partir de 2009, quando se torna órgão suplementar, diretamente vinculado à Reitoria da UFPA, já sob a direção de Simone Neno, a Editora passa por um processo de reestruturação, visando à implantação de novo desenho organizacional e modelo de gestão, pautado por princípios de excelência acadêmica, transparência e inovação. Como parte desse processo, a ed.ufpa busca modernizar suas rotinas de produção e comercialização, garantindo o acesso amplo às informações por autores e consumidores e viabilizando a aquisição de obras por meios mais ágeis e eficientes, como a abertura do sistema de vendas online em 2020.
Em 2010, é criada a nova marca da Editora, consolidando sua nova fase, que reformulou sua política editorial e reestruturou sua equipe e sua contabilidade. Com a reestruturação, a ed.ufpa passou a ter maior atuação cultural, além de expandir sua participação no mercado livreiro nacional.
Em 2015, a ed.ufpa inicia uma nova coleção, a fim de homenagear um dos maiores poetas paraenses. Com o lançamento, no dia 6 de junho, de O Estranho (v. 1), Caminho de Marahu (v. 6) e Colmando a Lacuna (v. 10), a Editora inicia a Coleção Max Martins: Poesia Completa, que possui onze volumes, incluindo o livro inédito Say it (over and over again).
A Editora da UFPA permanece atuando para a diversidade cultural e acadêmica da Universidade, da cidade e do estado. Em 2018, participou da instalação da Cátedra João Lúcio de Azevedo, uma parceria do Camões Instituto da Cooperação e da Língua (Portugal) e a Universidade Federal do Pará.